A baía, que já se chamou baía da lagoa e do Espírito Santo onde desaguam os rios Matola, Umbelúzi, Tembe e Maputo, tem uma entrada profunda que permite o acesso, por canal, a navios de grande calado.

Maputo está localizada na parte mais a sul de uma das duas zonas meteorológicas em que se divide Moçambique, a zona sul, caracterizada pela conjunção do regime meteorológico ciclónico das latitudes médias com regime tropical de chuvas de verão e a influência das monções do Oceano Indico.